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Les travaux ont été réalisés sous la supervision d'Aurangzeb afin d'être favorisé par son frère Muzaffar Hussain (également connu sous le nom de Koka Fidaie Khan), qui a été nommé gouverneur de Lahore en mai 1671 et a tenu ce poste jusqu'en 1675. La mosquée a été édifiée en face du grand fort de Lahore, illustrant sa stature dans l'empire moghol. En conjonction avec la construction de la mosquée, une nouvelle grande porte a été construite devant la mosquée, elle a été nommée 'Alamgir'.
La mosquée a été gravement endommagée durant le règne de Maharaja Ranjit Singh. Au cours de cette époque, les musulmans n'étaient pas autorisés à entrer dans la mosquée. Toutefois, une petite place leur a été réservée pour qu'ils puissent exercer leur culte.
Lorsque les Britanniques ont pris le contrôle de l'Inde, ils ont voulu utiliser la mosquée pour des objectifs militaires. Ayant alors nourri une haine pour les britanniques, les musulmans ont détruit une grande partie du mur de la mosquée. Après un certain temps, la mosquée a été restituée aux musulmans en tant que geste de bonne volonté même si elle était en très mauvais état.
A partir de 1852, des réparations ont été effectuées dans la mosquée Badshahi sous la houlette l'architecte Nawab Zen Yar Jang Bahadur. D’autres ont suivi de 1939 à 1960 d’un coût de 4,8 millions de roupies.
A l'occasion d'une conférence islamique à Lahore, le 22 février 1974, 39 chefs d'Etat musulmans ont fait leurs prières du vendredi dans la mosquée Badshahi.
Un petit musée fait également partie de la mosquée. Il contient des documents sur le Prophète Mohamed, son cousin Ali et sa fille Fatima.