Le bilan s'établit à 18 morts, dont deux collaborateurs de l'Agence des Nations unies pour les réfugiés palestiniens (Unrwa), a déclaré le porte-parole de la Défense civile, Mahmoud Bassal, qui avait dans un précédent bilan fait état de 14 morts.
Au moins 18 personnes ont par ailleurs été blessées, selon cette source.
Le secrétaire général des Nations unies, Antonio Guterres, a confirmé le décès de collaborateurs de l'Unrwa sur le site, évoquant pour la sa part le nombre de six morts.
"Une école transformée en refuge pour 12.000 personnes a à nouveau été visée par des frappes aériennes israéliennes aujourd'hui. Six de nos collègues de l'Unrwa figurent parmi les morts", a-t-il dit sur le réseau X.
"Ce qui se passe à Gaza est totalement inacceptable", a souligné M. Guterres, déclarant que "ces violations dramatiques du droit humanitaire international doivent cesser immédiatement".
Selon l'Unrwa, "il s'agit du plus grand nombre de morts parmi nos collaborateurs en une seule fois".
Une source médicale au dispensaire al-Awda de Nousseirat, l'un des deux établissements où ont été emmenés les morts et les blessés, a fait état à l'AFP d'un bilan de 15 morts et 44 blessés.
L'AFP n'est pas en mesure de vérifier de manière indépendante ces bilans.
L'armée israélienne a indiqué dans un communiqué que son aviation avait "mené une frappe de précision sur des combattants qui opéraient à l'intérieur d'un centre de commandement du Hamas" dans l'école Al-Jouni.
Les services de presse du gouvernement du Hamas dans la bande de Gaza ont affirmé que l'école, qui est gérée par Unrwa, abritait environ 5.000 personnes déplacées au moment de la frappe.
Devant l'hôpital des martyrs d'al-Aqsa de Deir al-Balah (centre), plusieurs personnes sont arrivées sur des brancards depuis le site de la frappe, a constaté un correspondant de l'AFP.
Certaines étaient visiblement inconscientes, et le correspondant de l'AFP a vu arriver parmi les blessés, au moins un enfant et des femmes.
"Il n'y a aucun lieu sûr dans la bande de Gaza", a commenté Oum Ayman, une Palestinienne qui se trouvait alors sur le parvis de l'hôpital, "les enfants, les personnes âgées, les femmes: qu'ont-ils fait de mal pour finir en morceaux?".
Ces derniers mois, l'armée a frappé plusieurs écoles dans la bande de Gaza, les accusant d'abriter des centres de commandement du Hamas, ce que le mouvement islamiste palestinien nie.
Des dizaines de milliers de personnes déplacées ont trouvé refuge dans des établissements scolaires depuis que la guerre à Gaza a commencé, après l'attaque sans précédent du Hamas en Israël.
La guerre a été déclenchée le 7 octobre par l'attaque du Hamas en Israël qui a entraîné la mort de 1.205 personnes, majoritairement des civils, selon un décompte de l'AFP à partir de données officielles israéliennes.
Sur les 251 personnes enlevées ce jour-là, 97 sont toujours retenues à Gaza, dont 33 ont été déclarées mortes par l'armée.
Les représailles israéliennes ont fait au moins 41.084 morts selon un bilan du ministère de la Santé du gouvernement du Hamas à Gaza. D'après l'ONU, la majorité des morts sont des femmes et des enfants.