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"Le chaos qui règne en Libye risque d'avoir des effets sur toute la Méditerranée si le calme ne s'impose pas dans les plus brefs délais", a déclaré M. Erdogan lors de l'inauguration du nouveau campus de l'Université turco-allemande à Istanbul, en présence de Mme Merkel.
"Il faut accélérer la résolution (du conflit) si nous ne voulons pas que les groupes terroristes comme l'Etat islamique et Al-Qaïda relèvent la tête", a ajouté le chef de l'Etat turc. "Mettre un terme à cette crise est notre objectif principal".
Après l'inauguration des nouveaux locaux de l'université, une cérémonie louée par les deux dirigeants comme un "exemple de coopération", M. Erdogan et Mme Merkel devaient s'entretenir à huis clos dans l'après-midi.
La situation en Libye, qui a fait l'objet d'une conférence internationale à Berlin la semaine dernière, sera au coeur des discussions.
En proie au chaos depuis la chute du dictateur Mouammar Kadhafi en 2011, la Libye est déchirée par un conflit entre le gouvernement d'union nationale (GNA) basé à Tripoli et les forces du maréchal Khalifa Haftar, homme fort de l'Est libyen.
Ankara soutient militairement le GNA, reconnu par les Nations unies. Mais le maréchal Haftar est appuyé par les Emirats arabes unis et l'Egypte. Plusieurs centaines de mercenaires russes se battent également à ses côtés, mais Moscou dément toute implication.
Outre la Libye, M. Erdogan et Mme Merkel devaient s'entretenir de la situation dans le nord-ouest de la Syrie, où une offensive du régime de Bachar al-Assad contre le bastion rebelle d'Idleb a fait des dizaines de milliers de déplacés ces dernières semaines.
Ankara et l'Union européenne redoutent un nouvel afflux de réfugiés. Après l'arrivée en Europe de plusieurs centaines de milliers de migrants à l'été 2015, Bruxelles a conclu en mars 2016 un accord migratoire controversé aux termes duquel Ankara s'engage à lutter contre les passages clandestins vers la Grèce voisine.
La Turquie, qui accueille sur son sol plus de quatre millions de réfugiés et migrants, demande néanmoins davantage d'aide financière de l'UE.