Il est décédé à l'hôpital, en Bretagne (ouest) où il habitait, a indiqué à l'AFP sa femme Soazig Chappedelaine Vautier.
Ce réalisateur à la vie mouvementée, entre fuite, prison, grève de la faim, menaces et condamnations, se revendiquait comme "le cinéaste français le plus censuré".
Il était notamment l'auteur de "Afrique 50", court-métrage réalisé à 20 ans, devenu le premier film anticolonialiste du cinéma français, qui a été censuré pendant quarante ans et lui a valu une condamnation à un an de prison. Son regard s'est beaucoup porté sur la guerre d'Algérie, avec notamment "Une Nation l'Algérie" (1954), pour lequel il a été poursuivi pour "atteinte à la sécurité intérieure de l'Etat", "Algérie en flammes" (1958), et surtout "Avoir 20 ans dans les Aurès".
Ce dernier film, son oeuvre la plus connue, avait reçu le Prix de la critique internationale au Festival de Cannes en 1972.