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Ces lacs, concentrés au Kenya, en Tanzanie et en Ethiopie, atteignent des niveaux record depuis des décennies, en partie à cause de l'augmentation des précipitations liée au changement climatique.
Cela a considérablement dilué l'alcalinité et la salinité de l'eau de ces lacs et entraîné un "déclin massif" d'algues uniques dont dépendent les flamants, mettant en péril une espèce déjà en déclin.
Cette étude, publiée dans la revue Current Biology, est la première à utiliser l'imagerie satellitaire pour observer les 22 lacs qui accueillent des flamants roses en Afrique de l'Est.
Ces données ont été combinées à des relevés climatiques et à des données d'observation des oiseaux sur plus de 20 ans.
Selon Aidan Byrne, auteur principal, le déclin des algues pousse les oiseaux au plumage rose caractéristique à quitter leurs habitats pour se réfugier dans des zones non protégées à la recherche de nourriture.
"Il se peut qu'ils puissent se déplacer ailleurs, mais ils pourraient aussi totalement disparaître des régions où ils se trouvent actuellement", a déclaré M. Byrne, étudiant en doctorat du King's College de Londres et du Muséum national d'histoire naturelle à Paris.
Les habitats des flamants en Afrique de l'Est sont protégés, alors qu'en dehors, la surveillance serait difficile et d'autres menaces, notamment humaines, pourraient apparaître.
Si d'autres études antérieures avaient déjà montré ce phénomène, "nous avons été surpris par l'ampleur des changements et par la menace qui pèse sur les habitats des flamants roses", a expliqué M. Byrne à l'AFP.
Les précipitations erratiques et extrêmes prévues pour l'Afrique de l'Est en raison du changement climatique ne feraient qu'aggraver le problème et "augmenteraient la menace qui pèse sur les espèces de la région", a-t-il ajouté.
Les baisses les plus marquées de concentrations d'algues ont été observées au Kenya, notamment à Nakuru, l'un des plus importants lacs nourriciers des flamants roses en Afrique.
Ce lac s'est agrandi d'environ 90% entre 2009 et 2022, tandis que la concentration d'algues y a diminué de moitié.
Les lacs Bogoria et Elmenteita au Kenya, qui attirent également les touristes en raison du somptueux spectacle produit par le rassemblement des flamants roses, ont également connu une forte baisse à la fois des quantités d'algues et des populations d'échassiers, obérant les recettes touristique du pays.
L'Afrique de l'Est concentre les trois quarts des flamants nains du monde. "Il s'agit d'une espèce emblématique qui est unique dans ces environnements. Leur disparition serait dévastatrice", souligne M. Byrne.